(1)自同步密碼具有自同步能力。在自同步序列密碼中,由於密鑰序列k的產生取決於種子密鑰K和固定個數的以前的若干位的密文。所以,在失去同步(如密文出現插入或刪除等非法攻擊時)後,密碼的自同步性就會體現出來:只要接收端陆续在接收到一定數量的正確密文後,通信雙方的密鑰序列產生器便會自動地恢復同步解密,自動同步後的密文是可以被正確解讀的,因此被稱為自同步序列密碼。採用這種密碼方式,在同步性遭到破壞時,可以自動地重建正確的解密,因而收、發雙方不再需要外部同步。而且僅有固定數量的明文字符不可恢復。

(2)具有明文統計擴散功能,強化了其抗統計分析的能力。在自同步序列密碼中,由於密鑰序列k的產生取決於種子密鑰K和固定個數的以前的若干位的密文。因此,可以理解為:某位密文的生成受前面若干位明文的影響。即一位明文可能影響到當前位和之後的若干位密文的產生。這就是明文統計擴散,即明文的統計學特徵被擴散到了密文中。

因此,自同步序列密碼在抵抗利用明文冗餘度而發起的攻擊方面要強於同步序列密碼,強化了其抗統計分析的能力。

自同步密碼的缺點:主要是有n位長的差錯傳播。

因為密鑰序列與密文序列有關,所以如果自同步序列密碼中一個密文傳輸錯誤會影響後面有限個密文的解密運算,也就是說,由於自同步序列密碼的密鑰序列與明文(密文)相關,所以加密時如果某位明文出現錯誤(如0變成1,或1變成0),就會影響後續的密文也發生錯誤。解密時如果某位密文出現錯誤,就會影響後續的明文也發生錯誤,從而造成錯誤傳播。具體的加解密錯誤傳播長度與其密鑰序列產生算法的結構有關。等到該錯誤移出寄存器後寄存器才能恢復同步,因而一個錯誤至多影響n個符號。在n個密文字符之後,這種影響將消除,密鑰序列自行實現同步。

在自同步序列密碼算法中,由於密文序列(從而明文序列)參與了密鑰序列的生成,使得密鑰序列的理論分析複雜化,现在的序列密碼研究結果大部分都是關於同步序列密碼的，因為這些序列密碼的密鑰序列的生成獨立於消息序列，從而使它們的理論分析相對較為容易些。但是自同步序列密碼的特點（例如，抵抗密文搜索攻擊、具有認證功能等）使相關的研究同樣具有重要的意義。