硬件加密是指加解密都用專門用的硬件設備操作，如加密機、加密卡或IC卡等；軟件加密指的是加解密都用軟件模塊操作。
硬件加密與軟件加密主要體現有以幾方面的不同。

1.密鑰的安全性

軟件加密時，密鑰存儲在內存或硬盤中，很輕易被獲取。

而硬件加密時,密鑰的生成及保存都在設備內部,而且採用了各種防護措施(如開機密鑰自毀、密鑰成分背對背輸入等措施)防止密鑰泄露；同時種種密碼運算都在加密機內部,因此可從密鑰根本對其安全保護。

2.加密過程中的數據安全性

軟件加密時許多重要數據或敏感信息(如做密碼運算的密鑰,或顧客的個人密碼)都可在某個時刻以明文形式存在電腦的內存或磁盤中。幾乎全部應用業務系統都用現今流行的通用型操作系統,安全級別僅達到C2級,其本身有很多的安全隱患和漏洞,而且屬於國外產品,其內部有很多後門已是眾所周知,很易被非法分子或惡意攻擊者侵入或控制。所以用軟件加密會讓不法分子有機會從不安全的操作系統中讀取、利用、修改或刪除關鍵數據,不能確保加密過程中的安全性。

用硬件加密時,涉及到的全部重要數據或敏感信息的加解密和密碼運算都在加密機內部完成,不可能有任何危害客戶利益的資料暴露於加密機之外,從而從根本上保證了加密過程中重要數據或敏感信息的安全性。

3.加密運算速度

軟件加密藉助在業務主機上操作加密軟件實現加密功能,要佔用主機資源,通常它的運算速度比硬件加密設備要慢許多。

而硬件加密是由與主機系統獨立外的硬件加密設備達到的,硬件加密模塊內部本身有很強大的加解密處理模塊,凡與加密運算有關係的功能均顺利获得硬件加密設備處理，幾乎不佔用主機資源,可以顯著提高業務系統的處理能力。

4.運營維護方便性

軟件加密模塊一般與業務系統運行在相同主機中,模塊獨立性差,升級維護困難,很難保證業務系統7*24小時永不間斷的服務宗旨,一旦出現故障,將會給客戶的經濟利益和社會形象帶來巨大影響。

硬件加密模塊與各種業務處理系統物理上獨立,獨立性好,升級維護簡單,能從根本上使業務系統7*24小時的服務宗旨。

5.密碼設備本身的安全性

軟件加密自身安全性很難保證。

硬件加密模塊能保證自身的安全性。國際上有專門的加密設備安全規範,如FIPS PUB140-2加密模塊的安全要求Level1-4,國內加密設備在上市前要顺利获得密碼管理部門制定的安全測試規範。例如,FIPS 140-2規定,密碼設備必須採用雙重控制和知識分離的密鑰管理規範:雙重控制是指兩或以上的人同時操作才可正確操作密碼設備,來避免機密信息被一個人進入設備後掌控；知識分離是指由兩人或以上的人分別安全保管不同的密鑰段,只有同時操作才能重新產生密鑰,來避免關鍵密鑰被單個人掌控。FIPS 140-2還規定,如欲非法取得或修改被輸入、保存或處理的敏感信息,一定要用物理方法侵入密碼設備；同時要求任何成功的物理侵入將在物理上的損毀密碼設備,而且無法在不被發現的情況下復原。